ハードウェアキーボードを使ってiPadでかな入力をしたい場合、はじめに少しだけ設定を変更する必要があります。

設定→一般→キーボードと進んでいくと、下のような画面になります。

赤枠で囲んだ部分「ハードウェアキーボード」をタップします。

「日本語-かな入力」の部分を見てください。「自動」か「U.S.」になっていると思います。
　
この「日本語-かな入力」の項目をタップして、一覧から「かな入力」にチェックマーク✓を入れます。

これでハードウェアキーボード（外付けのキーボード）で、かな入力ができるようになりました。

文字入力をするときに、キーボードの地球議マークのキーを押し「日本語かな」を選択すればOKです。